Unit-Unit kesehatan di Pelabuhan-Pelabuhan Umum dan Penyebrangan di Batam serta Bandara Internasional utama Indonesia  telah memasang perlengkapan pendeteksi suhu badan (mass thermal scanner) untuk memonitor suhu badan para penumpang dari Singapura dan Malaysia dengan batas toleransi berbadan sehat dengan suhu badan  paling tinggi 38 derajat Celcius.

Para penumpang yang datang dari Singapura dan Malaysia di pelabuhan-pelabuhan di Batam dan Bandara Internasional utama diwajibkan untuk mlakukan pengisian formulir kewaspadaan kesehatan atau Health Alert Card (HAC) guna memonitor kondisi kesehatan para penumpang dengan asal embarkasi Singapura dan Malaysia.

Untuk Angkutan Udara dari Singapura dan Malaysia tujuan bandara-bandara Internasional utama di Indonesia, semua Pesawat diwajibkan untuk melakukan disinfeksi sebelum berangkat dan awak pesawat diwajibkan untuk melaporkan kepada menara pengawas bandara tujuan di Indonesia bila terdapat penumpang atau awak dicurigai mengalami gangguan kesehatan akibat terjangkit virus Zika ketika pesawat sedang mengudara ke Indonesia